Mikroba yang berperan pada proses pengolahan bahan pangan adalah jenis bakteri dan jamur. Mikroba ini mempunyai peranan dalam proses fermentasi sehingga menghasilkan produk olahan makanan dan minuman.
Peranan mikroba pada pangan yang menguntungkan terdapat pada proses pembuatan tempe, oncom, ragi roti, tape, terasi, yoghart, tauco, kecap, dan keju. Mikroba
perusak makanan adalah mikroba yang mengakibatkan kerusakan pangan seperti menimbulkan bau busuk, lendir, asam, perubahan warna, pembentukan gas dan perubahan lain yang tidak diinginkan.
Bakteri dan jamur (kapang dan khamir) merupakan jenis mikroba pangan yang bermanfaat dalam proses pembuatan makanan dan minuman, terbukti dengan adanya produk olahan pangan yang sangat diminati.