Semua jenis fungi bersifat heterotrof, artinya tidak dapat mensintesis karbohidrat dari bahan-bahan anorganik, fungi tidak memangsa dan mencernakan makanan. Fungi memperoleh makanan dengan cara langsung menyerap zat organik dari lingkungannya melalui hifa dan miseliumnya, kemudian menyimpannya dalam bentuk glikogen. Dengan demikian, fungi bergantung pada substrat yang menyediakan karbohidrat, protein, vitamin, dan senyawa kimia lainnya. Semua zat itu diperoleh dari lingkungannya.
Sebagai makhluk heterotrof, fungi dapat bersifat parasit obligat (seluruh sumber energinya sangat bergantung pada inangnya, di luar inangnya tidak dapat hidup), parasit fakultatif (bersifat parasit jika mendapatkan inang yang sesuai, tetapi bersifat saprofit jika tidak mendapatkan inang yang sesuai), atau saprofit/pengurai (menyerap makanannya dari organisme yang telah mati seperti kayu yang tumbang dan buah yang telah jatuh dari pohon).
