Ketidakseimbangan ekosistem dapat terjadi apabila salah satu komponen pada ekosistem tersebut rusak. Kerusakan dapat terjadi secara alami maupun akibat perbuatan manusia.
Kerusakan yang terjadi secara alami umumnya akibat bencana alam seperti banjir, tanah longsor, gempa bumi, tsunami dan sebagainya.
Akibat perbuatan manusia umumnya disebabkan karena populasi manusia yang tumbuh hingga mencapai suatu jumlah yang sangat besar sehingga aktivitas dan kemampuan teknologi manusia mengganggu dinamika sebagian besar ekosistem yaitu telah mengganggu struktur trofik pada ekosistem.sehingga dengan terganggunya salah satu tingkat trofik sangat mengganggu keseimbangan tingkat trofik lainnya di dalam ekosistem tersebut.