Pemanenan dapat dilakukan bertahap, selama pemeliharaan dengan waktu 6 bulan bisa dipanen sebanyak 6 kali. Panenan pertama dapat dilakukan setelah 1,5 bulan dari mulai benih dimasukan. Panen berikutnya dapat dilakukan setiap 3 minggu sekali. Tiap pemanenan sebaiknya dilakukan pada bagian yang terendam air saja. Jadi tempat sarang mereka tidak terganggu. Kecuali pada panen total di mana seluruh tanah lumpur sarang mereka dibongkar semuanya.
Kalau menginginkan panen bertahap terus-menerus, selama itu pula tempat sarang mereka jangan diganggu. Atau dapat digunakan sistem 2 bak yang saling berhubungan.
Semula keduanya merupakan bak tempat berkembang biak, setelah diadakan panen pertama bak yang satu tetap sebagai tempat berkembang biak sedang yang satunya lagi sebagai tempat pengambilan. Kedua bak ini dibatasi dinding penyekat. Pada dinding tersebut dibuat lubang penghubung yang berfungsi sebagai jalan para belut berpindah tempat dari bak pembiakan ke bak pengambilan. Permukaan bak pengambilan dibuat lebih rendah sehingga belut yang sudah terlanjur pindah kemari tidak dapat balik lagi ke bak pembiakan.